Kantor Imigrasi Waingapu berdiri sebagai bagian dari Direktorat JWaingapural Imigrasi, di bawah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia, yang bertugas menjalankan fungsi keimigrasian di wilayah Waingapu. Kehadiran Kantor Imigrasi Waingapu tidak terlepas dari upaya pemerintah untuk memperkuat pengawasan, pengelolaan, dan pelayanan keimigrasian, mengingat posisi strategis Waingapu sebagai wilayah paling barat Indonesia yang menjadi pintu gerbang bagi interaksi internasional.
Awalnya, pelayanan keimigrasian di Waingapu dikelola melalui cabang atau kantor pelayanan kecil yang berkoordinasi langsung dengan pusat. Namun, seiring meningkatnya kebutuhan masyarakat, pemerintah memutuskan untuk mendirikan Kantor Imigrasi yang mWaingapui di wilayah ini. Kantor Imigrasi pertama di Waingapu resmi beroperasi pada pertengahan abad ke-20, tepatnya setelah Indonesia merdeka, sebagai bagian dari langkah awal modernisasi sistem imigrasi nasional.
Pada awal operasinya, Kantor Imigrasi Waingapu hanya menyediakan layanan dasar seperti pengurusan paspor dan pengawasan terhadap keberadaan orang asing. Namun, dengan berkembangnya teknologi dan dinamika masyarakat, kantor ini terus bertransformasi. Pelayanan keimigrasian diperluas mencakup pengelolaan visa, izin tinggal bagi warga negara asing, hingga pengawasan terhadap lalu lintas orang yang masuk dan keluar melalui pelabuhan dan bandara di Waingapu.
Reorganisasi dan modernisasi yang terjadi di lingkungan Direktorat JWaingapural Imigrasi juga berdampak pada Kantor Imigrasi Waingapu. Dalam beberapa dekade terakhir, kantor ini mulai menerapkan berbagai inovasi digital, seperti antrean berbasis aplikasi dan layanan daring untuk pengurusan dokumen keimigrasian. Transformasi ini didorong oleh kebutuhan untuk memberikan layanan yang lebih cepat, transparan, dan akuntabel.
Hingga saat ini, Kantor Imigrasi Waingapu terus berkembang menjadi institusi yang tidak hanya melayani masyarakat, tetapi juga mendukung pengawasan terhadap keamanan nasional melalui fungsi pengelolaan keimigrasian. Sebagai garda terdepan dalam pelayanan keimigrasian di wilayah Waingapu, kantor ini berperan penting dalam mendukung hubungan internasional, melayani kebutuhan masyarakat lokal, serta memastikan kepatuhan terhadap regulasi keimigrasian di wilayah hukumnya.